Средневековые тюрко- и монголоязычные номады и их потомки на Руси, в Российской Империи, странах Запада и Казахстане

В октябре 1950 г. казахский историк Тлеукажи Шоинбаев направил письмо секретарю ЦК ВКП (б) М. А. Суслову и председателю Комиссии партийного контроля при ЦК ВКП (б) М. Ф. Шкирятову о биографии президента Академии наук КазССР К. Сатпаева, влиянии на него традиций и родственных связей. В письме Т. Шоинбаев выдвинул против К. Сатпаева серьезные по тем временам обвинения: выходец из крупной байско-феодальной семьи, был активным членом партии «Алаш», насаждает в Академии наук трайбализм и кумовство, имеет несколько жен. Шоинбаев в связи с этими обвинениями упоминает и Алькея Маргулана, которого причислил к «буржуазным националистам»: «Зять Сатпаева Аликей Маргулан в 1946 году с помощью Сатпаева защитил докторскую диссертацию на тему „Казахский эпос“, в которой Маргулан восхваляет, идеализирует военачальника „золотой орды“ Едиге, одного из палачей русского народа в период монгольского ига. Этот буржуазный националист Маргулан с помощью Сатпаева стал член-корреспондентом Академии наук Каз. ССР».

В результате Каныш Сатпаев в ноябре 1951 г. был освобожден от должности президента и члена президиума Академии наук{13}.

Лишь после смерти Сталина Маргулан смог полноценно заняться наукой.

На протяжении 28 лет — с 1946 по 1974 год — Алькей Маргулан руководил Центрально-Казахстанской археологической экспедицией. Он провёл первые археологические раскопки древних городов вдоль рек Сырдарья, Талас, Шу, исследовал культуры Тараза, Отрара, Сайрама, Саурана, Сыгнака и доказал существование городских поселений в древнем Казахстане. Одно из его выдающихся открытий в археологии — бегазы-дандыбаевская культура в Центральном Казахстане.

В 1979 г. вышла монография А. Маргулана «Бегазы-Дандыбаевская культура Центрального Казахстана» — основательный и фундаментальный труд по древней истории Казахстана. Результаты археологических исследований автора в Сары-Арке были обобщены в фундаментальных монографиях «Древняя культура Центрального Казахстана», «История Казахской ССР» в пяти томах.

С середины 1950 гг. под руководством Маргулана осуществлялся сбор информации и материалов о выдающемся казахском учёном-просветителе Ч. Ч. Валиханове. А. Х. Маргулан автор таких произведений, как «Шокан жене Манас» (о Чокане Валиханове и киргизском эпосе «Манас»), «Ежелги жыр аныздар» («Древние легенды») и «Казахское прикладное искусство» в трех томах.

Научно-преподавательскую деятельность Маргулан сочетал с организаторской работой, возглавляя в течение многих лет Координационный совет по этногенезу казахского народа, Учёный совет Института истории, археологии и этнографии Академии наук КазССР, специализированный совет по защите докторских диссертаций.

Под руководством А. Х. Маргулана защищено более 50 кандидатских и докторских диссертаций.

Умер 14 января 1985 года.

Женой Маргулана была Раушан Сатпаева, доктор медицинских наук, врач-онколог. Она приходилась дочерью двоюродному брату Каныша Сатпаева, Абикею.

Награжден орденами Ленина, Трудового Красного Знамени, Дружбы народов, медалями, Грамотами и Почетной грамотой Верховного Совета КазССР. Заслуженный деятель науки КазССР. Лауреат Государственной премии КазССР.