Средневековые тюрко- и монголоязычные номады и их потомки на Руси, в Российской Империи, странах Запада и Казахстане

Исключенный из партии, оставшийся без работы и званий Ермухан Бекмаханов преподавал историю в школе села Нарынкол Алматинской области, а через два месяца стал работать учителем Новотроицкой средней школы Чуйского района Жамбылской области. 5 сентября 1952 г. Бекмаханов был арестован и 2 декабря того же года отправлен на 25 лет в ГУЛАГ{36}.

После смерти Сталина Анна Михайловна Панкратова обратилась к Никите Хрущеву, объяснила ему суть дела — дело Бекмаханова было пересмотрено и 16 февраля 1954 г., он был реабилитирован. В тот день, когда он освободился, у него не было даже теплой одежды. Панкратова дала ему денег и сказала: «У тебя есть друзья, но есть и враги. Ты должен хорошо выглядеть». Ермухан называл ее второй матерью и впоследствии говорил: «Я впервые почувствовал свое сердце, когда хоронил Анну Михайловну».

В гостинице «Гранд-отель» московские ученые устроили банкет по случаю освобождения Е. Бекмаханова.

Однако в Алма-Ате он не мог устроиться на работу. Помогло вмешательство первого секретаря ЦК Компартии Казахстана Пантелеймона Пономаренко — в сентябре 1955 г. он был принят на работу преподавателем Казахского университета. Студенты КазГУ и КазПИ (ныне педагогический университет) пытались добиться восстановления Бекмаханову ученой степени. В результате один из студентов был исключен из КазПИ, другие предупреждены. Благодаря помощи А. М. Панкратовой в 1957 г. в издательстве АН СССР «Наука» в Москве вышла монография Бекмаханова «Присоединение Казахстана к России», им была вторично защищена докторская диссертация. В 1958 г. он стал заведовать кафедрой.

После освобождения Бекмаханов стал очень осторожным. В учебнике «История Казахской ССР» для 7–8 классов, авторами которого были Ермухан Бекмаханов и его дочь Найля Бекмаханова, 29 параграф, под названием «Феодально-монархическое движение Кенесары Касымова в 1837–1838 годы», поместился всего лишь на одной странице. В этом параграфе «реакционное» движение Кенесары Касымова представлено как «феодально-монархическое движение казахских аристократов». Вывод о том, что «это движение стало препятствием на пути присоединения Казахстана к России», слово в слово совпадал с формулировкой в газете «Правда». Учебник был затем многократно переиздан, по нему учили не одно поколение казахстанских школьников{36}.

В 1964 г. Е. Бекмаханов был избран членом-корреспондентом АН КазССР. Однако завистники не оставляли его в покое, продолжали писать анонимки во все инстанции.

6 мая 1966 г. Е. Бекмаханов умер, у него был рак легкого. Он просил врачей продлить ему жизнь до 10 мая, так как в этот день его жена Халима Адамовна должна была защищать кандидатскую диссертацию. 7 мая состоялись похороны, а 10 мая Халима Адамовна защитила диссертацию, став кандидатом педагогических наук.